הטיפול של הרפואה הקונבנציונלית מתמקד ומצטיין בהשלמת החסרים ההורמונליים הנובעים מן המתקפה האוטואימונית על בלוטת התריס. זאת אומרת שהורמונים אשר לא מיוצרים על ידי הבלוטה ניתנים כתרופה מבחוץ.
תרופות מרשם כמו ״יוטירוקס״ או ״סינתרואיד״ ניתנות כמענה לחסר הנובע מהייצור הלקוי של הורמוני התריס.

זהו טיפול חלקי טוב, אפילו טוב מאוד לפרקים, אבל הוא סימפטומטי בלבד ומפספס את העיקר – טיפול בהפרעה האוטואימונית אשר גרמה למחלת השימוטו מלכתחילה.

הטיפול בתרופות מרשם דואג שתאי הגוף יקבלו את ההורמונים החיוניים החסרים ופעמים רבות אין תחליף לקבלת אותם הורמונים בעיקר במצבים בהם הבלוטה כבר אינה מתפקדת. אך עם זאת, אפשר לטפל בהפרעה האוטואימונית ולשמור על התפקוד התקין שעוד נותר לבלוטת התריס. במצבים בהם המטופלת כבר נוטלת תרופות מרשם והבלוטה אינה מייצרת מספיק הורמונים (או אינה מייצרת כלל), לעיתים ניתן להפחית את ההתקפה האוטואימונית ולשפר את תפקוד הבלוטה.

לעיתים, מתקפת הנוגדנים על בלוטת התריס כה חריפה ואלימה והדבר גורם לסימפטומים קשים וסוערים אצל המטופלת. תשובת הרפואה הקונבנציונלית למצב זה היא הסרה כירורגית של הבלוטה או השמדתה באמצעות יוד רדיואקטיבי. פעמים רבות, זהו מצב של אין ברירה ומדויק לאותו הרגע, אולם ניתן היה להימנע ממנו מלכתחילה אם המתקפה האוטואימונית על בלוטת התריס הייתה מטופלת.